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Castor se revela ante ellos como Suze, un antiguo rebelde y promete a Sam, ya que es el hijo de Kevin que los ayudara, pero la intromisión de los guardianes negros de Clu, terminan por inclinar a Castor por la abstención al conflicto.

Sam y Quorra deben enfrentarse a estos soldados de Clu, resultando heridos, Kevin aparece en su ayuda y en el proceso de escape, le es arrebatado su disco, que posteriormente es conseguido por Castor.

Clu aparece minutos después en el club de Castor, par exigir el disco a cambio de un trueque que no cumple, destruyendo el lugar y a Castor y sus habitantes con él. Ya tiene lo que necesitaba, un disco de un programador para poder salir del mundo de Tron y controlar el programa desde afuera.

Por esta razón, Kevin, Sam y Quorra, van a toda prisa y infiltrándose a la torre para conseguir llegar antes que Clu, y así poder frustrar sus planes. Kevin se ve en la necesidad de sacrificarse para detener a Clu, por lo que solo Sam y Quorra terminan por salir del programa, y cerrando la salida tras ellos.

Dentro todo es como su padre se lo ha contado, con la única diferencia que ahora los programas basura, o los rebeldes son capturados para ingresarlo a las arenas de combate, para batirse por sus vidas para la diversión de la máxima autoridad. El joven Flynn es confundido como uno de estos programas y es llevado por los programas guardianes hasta los juegos, en donde, portando su disco, deberá enfrentarse a muerte a una batalla de disco contra los programas vencedores del juego.

Cuando se Dan cuenta de que Sam no es un programa, sino un programador, todos los ataques se detiene, siendo llevado inmediatamente a la presencia de la máxima autoridad, Clue, quien por su origen, presenta la misma imagen que el padre de Sam, Kevin Flynn.

Confundido al principio, Sam piensa que puede confiar en él, hasta que este le revela sus planes para rectificar bajo su mando este mundo, pues esa su programación. Sam se niega a darle el control de su disco, que para Clu es la llave maestra ara salir del programa al mundo real, por lo que lo obliga a enfrentarse a él y su equipo en una batalla de motocicletas de luz, con el único fin de poder destruirlo y conseguir así su disco.

El equipo de Sam, es rápidamente eliminado, y cuando solo Clu y él quedan en la arena, un vehículo, externo a los juegos, aparece para sacar al joven Flynn de ahí. Después de una secuencia de explosiones y maniobras para intentar escapar, él y el misterioso programa, que luego se revela como Quorra, una amiga de su padre, logran burlar a los guardias de Clu y desaparecer fuera de las fronteras, donde ella y Kevin Flynn, padre de Sam, se ha estado escondiendo todos estos años.

Kevin le explica cuales son los planes de Clu, por lo que él y su nueva amiga los lleva a buscar apoyo con Castor (Michael Sheen).